A atividade biológica pode incrementar a agregação do solo dependendo da sequência de culturas em semeadura direta (SSD). O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de sequências de culturas na comunidade dos fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) na agregação de um Latossolo Vermelho cultivado por nove anos sob SSD. Os tratamentos constituíram-se da combinação de três sequências de culturas de verão com sete culturas de entressafra, totalizando 21 parcelas por bloco experimental. As sequências de culturas de verão foram: monocultura de milho (MM), monocultura de soja (SS), e rotação soja-milho (SM). As culturas de entressafra foram: milho, sorgo granífero, girassol, crotalária, guandu, nabo forrageiro e milheto, semeadas em fevereiro-março, repetindo-se a cada ano agrícola, a mesma cultura de entressafra na mesma parcela. Nove anos após ciclos de verão e de entressafra na área experimental (Outubro de 2011), amostras de solo foram coletadas na camada de 0-0,10 m, para estudos de comprimento de micélio externo total (CMET), números de esporos (ESP) e quantidades de glomalina facilmente extraída (GFE) e de glomalina total (GT), como atributos biológicos do solo, e índice de estabilidade de agregados (IEA) e diâmetro médio ponderado dos agregados (DMP), como atributos da agregação do solo. O cultivo de milho no verão favorece o aumento do comprimento do micélio externo total no solo e do número de esporos, proporciona maior produção da glomalina total e incrementa a agregação do solo. A gramínea milheto cultivada na entressafra favorece o aumento do comprimento do micélio externo total no solo.